Fue fundado en 1966. Constituye el centro rector de la Gastroenterología en Cuba. Con casi medio siglo de existencia, es dueño de una longeva trayectoria en el diagnóstico y tratamiento de las afecciones del tracto digestivo.
Es un Centro del nivel de Atención Terciaria de salud, y desde su creación se ha destacado en la formación de profesionales dedicados a la Gastroenterología, quienes llevan con éxito esta especialidad a todas partes, dentro y fuera del país. La Gastroenterología Pediátrica, también encuentra gran apoyo y desarrollo inestimable.
Se caracteriza por ser un centro de realce en el campo de la investigación de, entre otras temáticas, el estudio de las enfermedades del hígado cobra fuerza y muestra importantes resultados. Desde su fundación, el instituto ha graduado a la mayoría de los gastroenterólogos con que cuenta el país, ha sido el centro de referencia en la especialidad de Gastroenterología y ha desarrollado algunos de los procederes endoscópicos que hoy se realizan en Cuba.