Fue fundado en 1937 por el eminente Profesor Pedro Kourí. Es una institución científica reconocida internacionalmente, por la alta calificación de su personal científico y los numerosos resultados relevantes y premios obtenidos por sus investigadores. 

Desde 1979, en instalaciones mucho más amplias y modernas, el IPK es un centro de excelencia y a nivel nacional y la máxima autoridad en las siguientes disciplinas: Microbiología, Parasitología, Medicina Tropical, así como Clínica y Epidemiología de Enfermedades Transmisibles. Posee un Centro Colaborador de la OMS para el Estudio del Dengue y su Vector y un Centro Colaborador de la OPS/OMS para la Eliminación de la Tuberculosis.

Su principal misión es promover y desarrollar la investigación científica y la innovación para la prevención, control y eliminación de las enfermedades infecciosas, así como garantizar servicios especializados y de alta tecnología para la vigilancia epidemiológica, el diagnóstico y la atención médica, con vistas a mejorar la calidad de vida de la población cubana y de la comunidad internacional. 

Mantiene vínculos de intercambio científico en la esfera de su especialidad con instituciones de otros países, ayudando a los países del Tercer Mundo en la lucha contra las enfermedades transmisibles. Contribuye al desarrollo de las Ciencias Biomédicas en general y de la Microbiología, la Parasitología, la Epidemiología y la Infectología en particular. Como Centro Nacional de Referencia Clínica, brinda una asistencia médica altamente calificada a pacientes VIH/SIDA y de otras enfermedades transmisibles.