Il a été fondé en 1937 par le professeur éminent Pedro Kourí. C’est une institution scientifique reconnue internationalement, en raison de la haute qualification de son personnel scientifique et des nombreux résultats pertinents et prix obtenus par ses chercheurs.

Depuis 1979, installé dans des locaux beaucoup plus vastes et modernes, l’IPK est un centre d’excellence à l’échelle nationale et l’autorité suprême dans les disciplines suivantes : microbiologie, parasitologie, médecine tropicale, ainsi que clinique et épidémiologie des maladies transmissibles. Il abrite un Centre Collaborateur de l’OMS pour l’étude de la dengue et de son vecteur, ainsi qu’un Centre Collaborateur de l’OPS/OMS pour l’élimination de la tuberculose.

Sa mission principale est de promouvoir et développer la recherche scientifique et l’innovation pour la prévention, le contrôle et l’élimination des maladies infectieuses, tout en garantissant des services spécialisés et de haute technologie pour la surveillance épidémiologique, le diagnostic et les soins médicaux, afin d’améliorer la qualité de vie de la population cubaine et de la communauté internationale.

Il entretient des liens d’échange scientifique dans son domaine de spécialité avec des institutions d’autres pays, et apporte son aide aux pays du Tiers-Monde dans la lutte contre les maladies transmissibles. Il contribue au développement des sciences biomédicales en général, et plus particulièrement de la microbiologie, la parasitologie, l’épidémiologie et l’infectiologie. En tant que Centre National de Référence Clinique, il fournit une assistance médicale hautement qualifiée aux patients atteints du VIH/sida et d’autres maladies transmissibles.