Il a été fondé en 1966. Il constitue le centre directeur de la gastroentérologie à Cuba. Avec près d’un demi-siècle d’existence, il possède une longue trajectoire dans le diagnostic et le traitement des affections du tractus digestif.
C’est un centre de niveau de soins tertiaires, et depuis sa création, il s’est distingué par la formation de professionnels spécialisés en gastroentérologie, qui exercent cette spécialité avec succès tant à l’intérieur qu’à l’extérieur du pays. La gastroentérologie pédiatrique y trouve également un soutien et un développement remarquables.
Il se caractérise par son rôle de premier plan dans le domaine de la recherche, notamment dans l’étude des maladies du foie, domaine dans lequel il obtient des résultats importants. Depuis sa fondation, l’institut a formé la majorité des gastroentérologues du pays, a été le centre de référence dans cette spécialité et a développé certaines des techniques endoscopiques actuellement pratiquées à Cuba.